今週のPNASより，
Caterpillars evolved from onychophorans by hybridogenesis
Donald I. Williamson
上の論文は昆虫の幼虫の形態がonychophora（有爪動物？）からのgene introgressionによるものではないかという説のようです（斜め読みなので間違っていたらすいません）．
もちろん単なる仮説に過ぎなく，普通ならあっさりリジェクトされる論文なのですが，メンバーの推薦が大きな力を持つTrack Iなのでうっかり載ってしまったという感じでしょうか．賢い編集者が考えた手は，その下に次の論文を並べることだったようです．
Caterpillars did not evolve from onychophorans by hybridogenesis
Michael W. Hart and Richard K. Grosberg
間違い探しみたいなタイトルですね．
個人的にはこういった夢のある話は大好きです．ただ，致命的に証拠不足だと思いますが．
2009年11月26日木曜日
2009年11月19日木曜日
研究費の見直し2
朝日新聞より「計算基礎科学コンソーシアム」のコメント，
--
「実験や観測で調べることのできない領域を探索する唯一の方法は、スパコンを使ったシミュレーション」
--
唯一の方法かどうかは別として，この主張は理解できます．スパコンが要らないと思っている人はほとんどいないでしょう．しかし，事業費が適切に使われていたのか，事業がきちんと進んだのか，そもそも最初の計画に無理はなかったのかについての説明にはなっていません．「事業中止＝スパコンの開発中止」ではないはずです．
本来は失敗した事業は取りやめて，トップに責任を取らせ，改めてスパコン事業を展開すべきだと思います．しかし，日本のシステムでは一度失敗した事業はそのままお蔵入りになってしまう可能性も高いです．失敗したプロジェクトは責任の所在をはっきりさせてスッパリ解散させることが必要ではないでしょうか．
何が失敗で何が成功だったのかを決める研究成果の評価は確かに難しいです．費用対効果なんてものでは測れませんし，研究の成功の度合いを如何に客観的に評価するかが問題であるでしょう．論文の数だけで評価というのも色々と弊害がありそうです．一番マシなのは論文のピア・レビューのような，匿名性のある同業者の評価ではないかと思います．
今回を良い機会として，研究費のシステムを大きくつくりかえたほうがよいのではないでしょうか．
--
「実験や観測で調べることのできない領域を探索する唯一の方法は、スパコンを使ったシミュレーション」
--
唯一の方法かどうかは別として，この主張は理解できます．スパコンが要らないと思っている人はほとんどいないでしょう．しかし，事業費が適切に使われていたのか，事業がきちんと進んだのか，そもそも最初の計画に無理はなかったのかについての説明にはなっていません．「事業中止＝スパコンの開発中止」ではないはずです．
本来は失敗した事業は取りやめて，トップに責任を取らせ，改めてスパコン事業を展開すべきだと思います．しかし，日本のシステムでは一度失敗した事業はそのままお蔵入りになってしまう可能性も高いです．失敗したプロジェクトは責任の所在をはっきりさせてスッパリ解散させることが必要ではないでしょうか．
何が失敗で何が成功だったのかを決める研究成果の評価は確かに難しいです．費用対効果なんてものでは測れませんし，研究の成功の度合いを如何に客観的に評価するかが問題であるでしょう．論文の数だけで評価というのも色々と弊害がありそうです．一番マシなのは論文のピア・レビューのような，匿名性のある同業者の評価ではないかと思います．
今回を良い機会として，研究費のシステムを大きくつくりかえたほうがよいのではないでしょうか．
2009年11月17日火曜日
研究費の見直し
先日に引き続き事業仕訳の話題です．
確かに研究費の補助金は各省庁が色々なものを立てていて重複も多く，省庁内でも複雑な仕組みになっているものがあります．これをスッキリとさせるのはいいことでしょう．
しかし，一本化するならそれに応じて年数回の応募チャンスが必要になってくるかと思います．採択率が二割ちょっとの研究費が，一年に一度しか応募できずに，それが落ちたら一年を棒に振るというのは効率が悪すぎます．
また，下の資料を見たところ，若手研究も削減の対象になりそうです．今年はすでに公募が終わってしまったのですが，どうなるのでしょうか．会議の内容を見ても，ポスドク問題の補助金と若手研究の補助金がごちゃまぜになって議論されているようです．
額が減るのは仕方なくても，採択率が悪くなるのは勘弁してほしいところです．研究者として大事な時期の一年がかかっているわけですから．
http://www.cao.go.jp/sasshin/oshirase/h-kekka/pdf/nov13kekka/3-21.pdf
確かに研究費の補助金は各省庁が色々なものを立てていて重複も多く，省庁内でも複雑な仕組みになっているものがあります．これをスッキリとさせるのはいいことでしょう．
しかし，一本化するならそれに応じて年数回の応募チャンスが必要になってくるかと思います．採択率が二割ちょっとの研究費が，一年に一度しか応募できずに，それが落ちたら一年を棒に振るというのは効率が悪すぎます．
また，下の資料を見たところ，若手研究も削減の対象になりそうです．今年はすでに公募が終わってしまったのですが，どうなるのでしょうか．会議の内容を見ても，ポスドク問題の補助金と若手研究の補助金がごちゃまぜになって議論されているようです．
額が減るのは仕方なくても，採択率が悪くなるのは勘弁してほしいところです．研究者として大事な時期の一年がかかっているわけですから．
http://www.cao.go.jp/sasshin/oshirase/h-kekka/pdf/nov13kekka/3-21.pdf
2009年11月13日金曜日
科学技術にかけるお金は無駄か
このブログではあまり政治の話題はしていませんが，現在行われている事業仕訳で色々と科学研究費関係が挙げられているのでちょっとコメントします．
今日は科学予算がいくつか仕訳対象になっていました．科学の世界で何が無駄か，無駄じゃないかなんてのが判断できるわけはありません．「国民の目線で言うと世界一にこだわる必要があるのか」などというコメントを読むと目まいがします．しかしその一方，科学研究と公共事業の区別がつかないようなプロジェクトがあるのも事実です．
槍玉にあげられたスパコンの開発などは，途中経過を聞く限りは，確かに一度仕切り直しが必要な気もします．
実際には研究に失敗はつきものです．企業だと見込みがない事業はすぐに切り捨てますが，基礎研究にはある程度長い目で投資することが絶対に必要です．
しかし，国家プロジェクトの特徴は，失敗をなかなか認めないことにもあります．失敗を認めるとファンディング元が責任を負わされる可能性があるからです．長い目で投資をするのと，失敗をうやむやにするために金をじゃぶじゃぶつぎ込むのは，傍目には一緒ですが，中身はまったく違います．
と，今回一番びっくりしたのは，政府のウェブサイト
http://www.cao.go.jp/sasshin/
で，配布資料などが公開されているのですが，なぜか白黒コピー．読めない図もあるし，ウェブに載せるのになぜ白黒なのか．ちょっとこれはお粗末ではないでしょうか．
今日は科学予算がいくつか仕訳対象になっていました．科学の世界で何が無駄か，無駄じゃないかなんてのが判断できるわけはありません．「国民の目線で言うと世界一にこだわる必要があるのか」などというコメントを読むと目まいがします．しかしその一方，科学研究と公共事業の区別がつかないようなプロジェクトがあるのも事実です．
槍玉にあげられたスパコンの開発などは，途中経過を聞く限りは，確かに一度仕切り直しが必要な気もします．
実際には研究に失敗はつきものです．企業だと見込みがない事業はすぐに切り捨てますが，基礎研究にはある程度長い目で投資することが絶対に必要です．
しかし，国家プロジェクトの特徴は，失敗をなかなか認めないことにもあります．失敗を認めるとファンディング元が責任を負わされる可能性があるからです．長い目で投資をするのと，失敗をうやむやにするために金をじゃぶじゃぶつぎ込むのは，傍目には一緒ですが，中身はまったく違います．
と，今回一番びっくりしたのは，政府のウェブサイト
http://www.cao.go.jp/sasshin/
で，配布資料などが公開されているのですが，なぜか白黒コピー．読めない図もあるし，ウェブに載せるのになぜ白黒なのか．ちょっとこれはお粗末ではないでしょうか．
2009年11月12日木曜日
FOXP2を変えてみた
読売新聞より抜粋
--
人間の培養細胞で両者のＦＯＸＰ２を働かせてみたところ、人間のＦＯＸＰ２はチンパンジーに比べて、６１個の遺伝子を活発化させ、逆に５５個の遺伝子の働きを抑えることが分かった。実際の脳組織でも、こうした働きの違いを確認した。
--
ここまで読んでいるのになぜ次のような見出しになるのでしょうか．専門知識云々のレベルではないような気がします．
「人間の高い言語能力はチンパンジーと遺伝子わずか１個の差」
高い言語能力がその変異のせいかどうか，ましてやその一個の差が唯一の違いなのか，今回の実験だけでわかるわけがありません．発表したグループは，昔からヒトとチンパンジーの脳での遺伝子発現比較を行っているグループです．やりっぱなしが多い業界のなかで，きっちり実験系にまで持っていってるのは偉いと思います．
最近よく思うのですが，ネットのニュースのタイトルは短いもので注目をひかせてクリックさせようとしているのか，中身と全くかけ離れているものが結構ありますね．
原著はこちら，
Human-specific transcriptional regulation of CNS development genes by FOXP2
http://www.nature.com/nature/journal/v462/n7270/full/nature08549.html
--
人間の培養細胞で両者のＦＯＸＰ２を働かせてみたところ、人間のＦＯＸＰ２はチンパンジーに比べて、６１個の遺伝子を活発化させ、逆に５５個の遺伝子の働きを抑えることが分かった。実際の脳組織でも、こうした働きの違いを確認した。
--
ここまで読んでいるのになぜ次のような見出しになるのでしょうか．専門知識云々のレベルではないような気がします．
「人間の高い言語能力はチンパンジーと遺伝子わずか１個の差」
高い言語能力がその変異のせいかどうか，ましてやその一個の差が唯一の違いなのか，今回の実験だけでわかるわけがありません．発表したグループは，昔からヒトとチンパンジーの脳での遺伝子発現比較を行っているグループです．やりっぱなしが多い業界のなかで，きっちり実験系にまで持っていってるのは偉いと思います．
最近よく思うのですが，ネットのニュースのタイトルは短いもので注目をひかせてクリックさせようとしているのか，中身と全くかけ離れているものが結構ありますね．
原著はこちら，
Human-specific transcriptional regulation of CNS development genes by FOXP2
http://www.nature.com/nature/journal/v462/n7270/full/nature08549.html
2009年11月11日水曜日
A Genealogical Interpretation of Principal Components Analysis
PLoS Geneticsの記事．
最近，ゲノムワイドのSNPデータについて主成分分析（PCA）を行う解析方法が流行っておりますが（過去の記事），そもそもそれが何を意味するのかは明らかになっていませんでした．方法としては，サンプルのハプロタイプとSNPの有る無しのマトリクスを作ってそれについて主成分分析をするという単純なものです．
広く使われているにも関わらず，何となく気持ち悪い方法だったのですが，この論文では，Genotypeデータを用いたPCAは二つのアリルの平均coalescent timeをもとに成り立っているという理論的根拠が与えられました．当たり前のように感じる結果ですが，きちんと証明されることは良いことだと思います．
最近，ゲノムワイドのSNPデータについて主成分分析（PCA）を行う解析方法が流行っておりますが（過去の記事），そもそもそれが何を意味するのかは明らかになっていませんでした．方法としては，サンプルのハプロタイプとSNPの有る無しのマトリクスを作ってそれについて主成分分析をするという単純なものです．
広く使われているにも関わらず，何となく気持ち悪い方法だったのですが，この論文では，Genotypeデータを用いたPCAは二つのアリルの平均coalescent timeをもとに成り立っているという理論的根拠が与えられました．当たり前のように感じる結果ですが，きちんと証明されることは良いことだと思います．
2009年10月29日木曜日
科研費申請書提出
とりあえず事務に提出．政権交替の影響で一部の研究費が途中から募集停止になってしまいました．
若手Sはダメもとで書こうかどうか悩んでいたので，中止になってくれてかえってスッキリです．しかし，申請書を書いてしまった方の怒りと悲しみは大きいのではないでしょうか．
もうすぐ10月も終わりです．11月は色々と忙しくなるので，抱えている仕事をどこまで捌けるか．何度か撃沈した論文をまたまた書き直しているのですが，こねくり回すうちにわかりにくくなってきたのでまた元に戻したり．そろそろ形になってほしいところです．
若手Sはダメもとで書こうかどうか悩んでいたので，中止になってくれてかえってスッキリです．しかし，申請書を書いてしまった方の怒りと悲しみは大きいのではないでしょうか．
もうすぐ10月も終わりです．11月は色々と忙しくなるので，抱えている仕事をどこまで捌けるか．何度か撃沈した論文をまたまた書き直しているのですが，こねくり回すうちにわかりにくくなってきたのでまた元に戻したり．そろそろ形になってほしいところです．
2009年10月15日木曜日
本棚：研究資金獲得法 ~研究者・技術者・ベンチャー起業家~
研究資金獲得法 ~研究者・技術者・ベンチャー起業家~
文科省の科研費のための資料です．冒頭に，「申請書の書き方のコツを教えます」，というようなことが書いてあったので期待して読んでみたのですが，残念ながら内容は文科省の公募要領をまとめただけのものになっています．
実際のアドバイスは，「公募要領を良く読んでそれに合った内容で，審査員を意識して申請書を書きましょう」くらいのレベルです．最近，実験医学で連載されているものの方がよっぽどタメになりました．
ただ，文科省の補助金には基盤研究などの基本的な科研費だけでなく，色々なものがあるのを概観できるのはいいのかもしれません．どんな公募があるのか知らなければ応募すらできないわけですから，おおざっぱに知っておくことは重要でしょう．
文科省の科研費のための資料です．冒頭に，「申請書の書き方のコツを教えます」，というようなことが書いてあったので期待して読んでみたのですが，残念ながら内容は文科省の公募要領をまとめただけのものになっています．
実際のアドバイスは，「公募要領を良く読んでそれに合った内容で，審査員を意識して申請書を書きましょう」くらいのレベルです．最近，実験医学で連載されているものの方がよっぽどタメになりました．
ただ，文科省の補助金には基盤研究などの基本的な科研費だけでなく，色々なものがあるのを概観できるのはいいのかもしれません．どんな公募があるのか知らなければ応募すらできないわけですから，おおざっぱに知っておくことは重要でしょう．
科研費申請
年に一度，文科省科研費の申請シーズンです．去年は落ちてしまったのですが，色々な理由で今年はちょっとまじめに書いています．今までは傾向と対策をあまり練らずにやりたいことだけを書いてきましたが，ちょっと反省しています．
というわけで，傾向と対策を少し練ってみることにしました．科研費データベースというもので過去の研究費の内容を見ることができます．過去に誰がどんなテーマでどれだけの研究費を貰ったのかが確認できます．これは結構面白くて，ついつい時間を忘れて読んでしまいます．そこで気付いたのは採択された研究のタイトルがどれもあまり具体的でないこと．
よく考えるとこれは当然のことで，多くの大学の研究室は，あるテーマに沿って行っている一連の研究を継続するために文科省の科研費に応募していることかと思います．それに比べると僕が今まで出していた研究題目は論文のタイトルのようで，一般性に欠けているように見えます．研究内容が具体的であればあるほど良いと個人的には思っていましたが，やはりバランスが重要なのだと感じます．
というわけで，傾向と対策を少し練ってみることにしました．科研費データベースというもので過去の研究費の内容を見ることができます．過去に誰がどんなテーマでどれだけの研究費を貰ったのかが確認できます．これは結構面白くて，ついつい時間を忘れて読んでしまいます．そこで気付いたのは採択された研究のタイトルがどれもあまり具体的でないこと．
よく考えるとこれは当然のことで，多くの大学の研究室は，あるテーマに沿って行っている一連の研究を継続するために文科省の科研費に応募していることかと思います．それに比べると僕が今まで出していた研究題目は論文のタイトルのようで，一般性に欠けているように見えます．研究内容が具体的であればあるほど良いと個人的には思っていましたが，やはりバランスが重要なのだと感じます．
2009年10月2日金曜日
イグ・ノーベル賞
今年も日本人が取られたようでめでたい限りです．パンダのフンで生ごみ分解．これはどう考えても受賞者の先生は大まじめです．
「ラクダを使って抗体医療を」という研究を行っている先生もいて，最初は失礼ながらトンデモ研究かと思いましたが，ラクダ科の動物は進化の過程で特殊な抗体分子を持つようになっていると聞いて納得したのを思い出します．
イグ・ノーベル賞を取る研究には主に二種類あると思います．
1．方法論は科学的に怪しいが，研究内容や目的が笑ってしまうようなもの
2．方法論はまっとうな科学の土台に乗っているが，目的や方法がユニークだったりユーモアがあるもの
（1）の方は自慢にはなりませんが，（2）の方は誇れる内容ではないでしょうか．最近の受賞は（2）のものが多いような気がします．一見馬鹿らしい研究を行う余裕があるということはその国が基礎的な科学技術に投資しているという証拠です．
「ラクダを使って抗体医療を」という研究を行っている先生もいて，最初は失礼ながらトンデモ研究かと思いましたが，ラクダ科の動物は進化の過程で特殊な抗体分子を持つようになっていると聞いて納得したのを思い出します．
イグ・ノーベル賞を取る研究には主に二種類あると思います．
1．方法論は科学的に怪しいが，研究内容や目的が笑ってしまうようなもの
2．方法論はまっとうな科学の土台に乗っているが，目的や方法がユニークだったりユーモアがあるもの
（1）の方は自慢にはなりませんが，（2）の方は誇れる内容ではないでしょうか．最近の受賞は（2）のものが多いような気がします．一見馬鹿らしい研究を行う余裕があるということはその国が基礎的な科学技術に投資しているという証拠です．
登録:
投稿 (Atom)