Human Ancestors Were an Endangered Species

サイエンスのニュースより．

http://sciencenow.sciencemag.org/cgi/content/full/2010/119/2

ヒトの祖先は絶滅危惧種だったという刺激的なタイトルですが，ヒトの集団が過去に集団のボトルネックを経験したであろうことは昔からよく言われていますし，有効な集団サイズが10の4乗くらいで，現生のチンパンジーやゴリラと比べると少ないのはこれまでの研究で良く分かっています．

ニュースでも触れられていますが，元の論文に目を通してみるとこの論文の面白いところは結果よりも方法であるということがわかります．

一つ目のポイントは，レアなイベントであるトランスポゾン配列の挿入欠失が集団内で多型的であった場合には，その周辺の領域は他より古い歴史を持つ（共通祖先が古い）ということです．ヒトのゲノムは領域ごとに異なった歴史の長さ（coalescent time）を持つので，若い領域には比較的珍しいイベントである挿入欠失が起こらないだろうということです．したがって，古い歴史を持つ領域を調べれば，最近の集団の変化に影響されないデータが得られ，より正確に過去の出来事を推定できるということです．

実際に，Alu配列の挿入の多型がある場所を調べてみると，その近傍の塩基多様度はゲノム平均の倍くらいで，理論による予測と合致します．

もう一つは，この研究がたった二つのゲノム配列を用いて行われたものだということです．組み換えはゲノムをバラバラにして異なった系譜で遺伝させていきますので，全ゲノムを調べるということは別々の道筋を通ってきた様々な領域の歴史を知ることになります．今後ハプロタイプが正確に推定できるようになると，たった一人のゲノムを調べただけで，人類の歴史がわかるようになることも可能だと思われます．

ただ，ニュースのタイトルのような単純な解釈には注意が必要かと思われます．集団の有効サイズは実際の集団サイズとは異なった基準の数値であり，集団の構造やら何やらで色々と変化します．その時に10,000人しか人類がいなかったと考えるのは早計でしょう．

また，チンパンジーやゴリラの多様性は亜種を含んでいることも考慮に入れるべきかもしれません．100万年くらい前というと，ホモ・エレクトゥスという人類種が旧世界中に拡散して繁栄していました．現在では旧世界のグループはすべて絶滅したと考えられていますので，亜種レベルで階層化された集団があり，その後我々の先祖になったアフリカのグループだけが生き残ったと考えると，それほどおかしくない値であると思います．

研究室のウェブサイト

ウェブサイトをリニューアルしました．ちょこっとだけ日本語もあります．

http://night.nig.ac.jp/labs/EvoGen/index.html

心機一転

新しいメールアドレスも頂き，ちょっとずつ仕事がスタートし始めました．まだ色々とわからないこともあり，勝手がわかるまで暫く時間がかかりそうです．

新年一発目の最重要課題は，年末の仕事納め後ににリジェクト通知が来た論文の再投稿．折角の正月気分がぶち壊しでした．

レビュワーが二人ついて一人はOKだったのですが，もう一人が「方法に問題はないが新規性が足りないので，別の雑誌に投稿せよ」とのこと．色々と手間取っている間に似たような論文が発表されてしまったのが原因の一つです．

丁寧にも他の雑誌の名前までだしてくれてたので，ちょっと手直しして再投稿．レビュワーが変わってボロクソに貶されるという最悪の事態にならないことを願っております．誰かわかりませんが，同じ人に当たってくれるとラッキーなんですが．

2010年

あけましておめでとうございます．

2010年1月より静岡県三島市の遺伝学研究所に勤務することになりました．前の職場では進化の研究は本業ではなかったので，「何の研究をしているんですか」と聞かれて困ることが多かったのですが，これからは晴れて進化生物学者を名乗れるようになります．

反対にきちんとした仕事をしなけばいけないプレッシャーも出てきますが，心配しても仕方ないので落ち着いてやっていきたいと思います．

2009年最後の更新

少し早いですが，今年最後の更新とさせていただきます．

先日，現在の勤務先に辞表を提出してきました．

来年一月より心機一転，新たな場所でがんばります．移動先が気になる方は個人的に聞いてください．

気分を変えるために，ブログのデザインやタイトルを変えて再スタートでもしようかと思います．

分子生物学会には参加いたしますのでよろしくお願いいたします．Late breakingで出したので要旨集には載っていませんが，1日目のポスター発表です．それと，3日目にディスカッサーも少し手伝わせていただく予定です．

バーター論文

今週のPNASより，

Caterpillars evolved from onychophorans by hybridogenesis
Donald I. Williamson

上の論文は昆虫の幼虫の形態がonychophora（有爪動物？）からのgene introgressionによるものではないかという説のようです（斜め読みなので間違っていたらすいません）．

もちろん単なる仮説に過ぎなく，普通ならあっさりリジェクトされる論文なのですが，メンバーの推薦が大きな力を持つTrack Iなのでうっかり載ってしまったという感じでしょうか．賢い編集者が考えた手は，その下に次の論文を並べることだったようです．

Caterpillars did not evolve from onychophorans by hybridogenesis
Michael W. Hart and Richard K. Grosberg

間違い探しみたいなタイトルですね．

個人的にはこういった夢のある話は大好きです．ただ，致命的に証拠不足だと思いますが．

研究費の見直し2

朝日新聞より「計算基礎科学コンソーシアム」のコメント，

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「実験や観測で調べることのできない領域を探索する唯一の方法は、スパコンを使ったシミュレーション」

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唯一の方法かどうかは別として，この主張は理解できます．スパコンが要らないと思っている人はほとんどいないでしょう．しかし，事業費が適切に使われていたのか，事業がきちんと進んだのか，そもそも最初の計画に無理はなかったのかについての説明にはなっていません．「事業中止＝スパコンの開発中止」ではないはずです．

本来は失敗した事業は取りやめて，トップに責任を取らせ，改めてスパコン事業を展開すべきだと思います．しかし，日本のシステムでは一度失敗した事業はそのままお蔵入りになってしまう可能性も高いです．失敗したプロジェクトは責任の所在をはっきりさせてスッパリ解散させることが必要ではないでしょうか．

何が失敗で何が成功だったのかを決める研究成果の評価は確かに難しいです．費用対効果なんてものでは測れませんし，研究の成功の度合いを如何に客観的に評価するかが問題であるでしょう．論文の数だけで評価というのも色々と弊害がありそうです．一番マシなのは論文のピア・レビューのような，匿名性のある同業者の評価ではないかと思います．

今回を良い機会として，研究費のシステムを大きくつくりかえたほうがよいのではないでしょうか．

研究費の見直し

先日に引き続き事業仕訳の話題です．

確かに研究費の補助金は各省庁が色々なものを立てていて重複も多く，省庁内でも複雑な仕組みになっているものがあります．これをスッキリとさせるのはいいことでしょう．

しかし，一本化するならそれに応じて年数回の応募チャンスが必要になってくるかと思います．採択率が二割ちょっとの研究費が，一年に一度しか応募できずに，それが落ちたら一年を棒に振るというのは効率が悪すぎます．

また，下の資料を見たところ，若手研究も削減の対象になりそうです．今年はすでに公募が終わってしまったのですが，どうなるのでしょうか．会議の内容を見ても，ポスドク問題の補助金と若手研究の補助金がごちゃまぜになって議論されているようです．

額が減るのは仕方なくても，採択率が悪くなるのは勘弁してほしいところです．研究者として大事な時期の一年がかかっているわけですから．

http://www.cao.go.jp/sasshin/oshirase/h-kekka/pdf/nov13kekka/3-21.pdf

科学技術にかけるお金は無駄か

このブログではあまり政治の話題はしていませんが，現在行われている事業仕訳で色々と科学研究費関係が挙げられているのでちょっとコメントします．

今日は科学予算がいくつか仕訳対象になっていました．科学の世界で何が無駄か，無駄じゃないかなんてのが判断できるわけはありません．「国民の目線で言うと世界一にこだわる必要があるのか」などというコメントを読むと目まいがします．しかしその一方，科学研究と公共事業の区別がつかないようなプロジェクトがあるのも事実です．

槍玉にあげられたスパコンの開発などは，途中経過を聞く限りは，確かに一度仕切り直しが必要な気もします．

実際には研究に失敗はつきものです．企業だと見込みがない事業はすぐに切り捨てますが，基礎研究にはある程度長い目で投資することが絶対に必要です．

しかし，国家プロジェクトの特徴は，失敗をなかなか認めないことにもあります．失敗を認めるとファンディング元が責任を負わされる可能性があるからです．長い目で投資をするのと，失敗をうやむやにするために金をじゃぶじゃぶつぎ込むのは，傍目には一緒ですが，中身はまったく違います．

と，今回一番びっくりしたのは，政府のウェブサイト

http://www.cao.go.jp/sasshin/

で，配布資料などが公開されているのですが，なぜか白黒コピー．読めない図もあるし，ウェブに載せるのになぜ白黒なのか．ちょっとこれはお粗末ではないでしょうか．

FOXP2を変えてみた

読売新聞より抜粋

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　人間の培養細胞で両者のＦＯＸＰ２を働かせてみたところ、人間のＦＯＸＰ２はチンパンジーに比べて、６１個の遺伝子を活発化させ、逆に５５個の遺伝子の働きを抑えることが分かった。実際の脳組織でも、こうした働きの違いを確認した。
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ここまで読んでいるのになぜ次のような見出しになるのでしょうか．専門知識云々のレベルではないような気がします．

「人間の高い言語能力はチンパンジーと遺伝子わずか１個の差」

高い言語能力がその変異のせいかどうか，ましてやその一個の差が唯一の違いなのか，今回の実験だけでわかるわけがありません．発表したグループは，昔からヒトとチンパンジーの脳での遺伝子発現比較を行っているグループです．やりっぱなしが多い業界のなかで，きっちり実験系にまで持っていってるのは偉いと思います．

最近よく思うのですが，ネットのニュースのタイトルは短いもので注目をひかせてクリックさせようとしているのか，中身と全くかけ離れているものが結構ありますね．

原著はこちら，

Human-specific transcriptional regulation of CNS development genes by FOXP2
http://www.nature.com/nature/journal/v462/n7270/full/nature08549.html