感染研との共同研究の内容がパブリッシュされました．
https://www.nature.com/articles/s41598-017-18934-2
Vero細胞のゲノム解析によるサル内在性レトロウィルスの同定に関する論文です．
日本語の解説が感染研ウェブサイトにあります．
SERVの研究については引き続き行っていく予定です．
2018年2月20日火曜日
2017年9月8日金曜日
9月の学会・研究会
9月10-11日に札幌で行われる生物学機論研究会で少し話します．生物哲学の話が中心です．
https://sites.google.com/site/colloqfoundbio/home
今年は色々と用事が重なって，学会レベルの発表は行えていませんが，9月の末には生命医薬情報学合同大会が我々の研究科を会場にして開かれます．自分で発表はしませんが，当研究室の学生はほぼすべてポスター発表をする予定です．
9月12日に事前参加登録が締め切られますので，是非参加していただければと思います．
http://iibmp2017.ibio.jp/2017/
2017年6月16日金曜日
Cis- and Trans-regulatory Effects on Gene Expression in a Natural Population of Drosophila melanogaster
先日のG3論文に続き，首都大学東京の高橋先生らとの共同研究の成果をGenetics誌に発表しました．
遺伝子発現の進化がどのように起こっているかを知ることを目的に，ショウジョウバエを用いて特殊な交雑システムを作り，発現に直接影響を与えるcis変異と，間接的に影響を与えるtrans変異の効果を定量しています．
また，トランスポゾンの挿入が周囲の遺伝子の発現に影響を与える現象が，卵巣において特に強く見られたことにより，生殖細胞におけるトランスポゾン活性の制御が，周辺の遺伝子の発現に二次的に影響を与えていることが示唆されました．
Cis- and Trans-regulatory Effects on Gene Expression in a Natural Population of Drosophila melanogaster
遺伝子発現の進化がどのように起こっているかを知ることを目的に，ショウジョウバエを用いて特殊な交雑システムを作り，発現に直接影響を与えるcis変異と，間接的に影響を与えるtrans変異の効果を定量しています．
また，トランスポゾンの挿入が周囲の遺伝子の発現に影響を与える現象が，卵巣において特に強く見られたことにより，生殖細胞におけるトランスポゾン活性の制御が，周辺の遺伝子の発現に二次的に影響を与えていることが示唆されました．
Cis- and Trans-regulatory Effects on Gene Expression in a Natural Population of Drosophila melanogaster
2017年5月31日水曜日
生命情報解析学テキスト
現在学部生に行っている講義，生命情報解析学のテキスト資料を公開します．
まだまだ未完成なところや勘違い・間違いなどあるかと思いますが，バイオインフォマティクス，遺伝学，ゲノム科学などの基本的なところから勉強を始めるために，少しは役立つのではないかと思います．実際の授業ではこの半分以下しか教えられていません．
こういったものはいつまでたっても未完成なので，とりあえず前半部分を公開します．前半部分が基礎的な内容になり，後半がより応用的な内容になっています．インターネットで公開するにあたっては，図版の著作権が重要になってきますので，フリーライセンスまたは再配布が許可されたものだけを使っているつもりですが，お気づきの点があれば指摘いただければと思います．
PDFファイルはこちらのページで公開しています．
まだまだ未完成なところや勘違い・間違いなどあるかと思いますが，バイオインフォマティクス，遺伝学，ゲノム科学などの基本的なところから勉強を始めるために，少しは役立つのではないかと思います．実際の授業ではこの半分以下しか教えられていません．
こういったものはいつまでたっても未完成なので，とりあえず前半部分を公開します．前半部分が基礎的な内容になり，後半がより応用的な内容になっています．インターネットで公開するにあたっては，図版の著作権が重要になってきますので，フリーライセンスまたは再配布が許可されたものだけを使っているつもりですが，お気づきの点があれば指摘いただければと思います．
PDFファイルはこちらのページで公開しています．
2017年5月30日火曜日
A generalized linear model for decomposing genetic, parent-of-origin, and maternal effects on allele-specific gene expression
今年修士を卒業した高田君が行った仕事がG3誌で公開されました．
A generalized linear model for decomposing genetic, parent-of-origin, and maternal effects on allele-specific gene expression
Reciprocal cross（正逆交雑）された個体間のアリル特異的遺伝子発現をみることにより，ゲノムインプリンティングによる遺伝子発現への効果を検証する研究が行われてきましたが，本研究ではそれに加えて，cis制御による変異の効果と母親の遺伝子型の違いによる母系効果を同時に推定する方法を考えたというものです．
G3誌はGenetics誌を発行するアメリカ遺伝学会が発行しているもので，PLOS ONEなどと同じく，メガジャーナルと呼ばれるものの一つです．
A generalized linear model for decomposing genetic, parent-of-origin, and maternal effects on allele-specific gene expression
Reciprocal cross（正逆交雑）された個体間のアリル特異的遺伝子発現をみることにより，ゲノムインプリンティングによる遺伝子発現への効果を検証する研究が行われてきましたが，本研究ではそれに加えて，cis制御による変異の効果と母親の遺伝子型の違いによる母系効果を同時に推定する方法を考えたというものです．
G3誌はGenetics誌を発行するアメリカ遺伝学会が発行しているもので，PLOS ONEなどと同じく，メガジャーナルと呼ばれるものの一つです．
2017年2月7日火曜日
本棚：サピエンス全史
久しぶりの更新，しかもお正月休みに読んだ本の話で自分の怠慢さがよくわかります．
さて，この本は色々なメディアで取り上げられたようですが，一点だけ遺伝学者として指摘しておきたいところがあります．冒頭の方で，われわれホモ・サピエンスはただ一人の祖先に行き着く，といったような表現がありますが，これはよくある誤解です．
ゲノムに組み換えがなければミトコンドリアのように一つの共通祖先（所謂ミトコンドリア・イブ）にまでルーツを遡ることができますが，ゲノムには組み換えがあるので，異なったゲノムの場所は異なった共通祖先をもちます．したがって，我々のゲノムの祖先は一人に帰することは無く，無数にいると考えてよいでしょう．
そのほかの部分はとても楽しく読めた本でした．作者独自の視点が心地よく，いつもと違った観点から人類の歴史を眺めることができるでしょう．
さて，この本は色々なメディアで取り上げられたようですが，一点だけ遺伝学者として指摘しておきたいところがあります．冒頭の方で，われわれホモ・サピエンスはただ一人の祖先に行き着く，といったような表現がありますが，これはよくある誤解です．
ゲノムに組み換えがなければミトコンドリアのように一つの共通祖先（所謂ミトコンドリア・イブ）にまでルーツを遡ることができますが，ゲノムには組み換えがあるので，異なったゲノムの場所は異なった共通祖先をもちます．したがって，我々のゲノムの祖先は一人に帰することは無く，無数にいると考えてよいでしょう．
そのほかの部分はとても楽しく読めた本でした．作者独自の視点が心地よく，いつもと違った観点から人類の歴史を眺めることができるでしょう．
2016年10月28日金曜日
2016年9月20日火曜日
学会発表
自分が発表にかかわった学会のシーズンが終了しました．
本年度は指導している学生さんに中心となって発表をしてもらいました．事後になりますがまとめておきます．
7月の霊長類学会ではM1の池田君がサルレトロウィルスの分子進化解析についてポスター発表を行いました．優秀ポスター賞を受賞しました．
8月の進化学会ではM2の櫻井君がモーリシャス島のカニクイザルのゲノム解析についてポスター発表を行いました．
9月の遺伝学会では，M2の高田君がゲノムインプリンティングの新規解析法について，研究生のRatnayakeさんがヘモグロビン遺伝子で疾患を起こす遺伝的変異の解析についてそれぞれ口頭発表を行いました．
みなさんお疲れ様でした．
本年度は指導している学生さんに中心となって発表をしてもらいました．事後になりますがまとめておきます．
7月の霊長類学会ではM1の池田君がサルレトロウィルスの分子進化解析についてポスター発表を行いました．優秀ポスター賞を受賞しました．
8月の進化学会ではM2の櫻井君がモーリシャス島のカニクイザルのゲノム解析についてポスター発表を行いました．
9月の遺伝学会では，M2の高田君がゲノムインプリンティングの新規解析法について，研究生のRatnayakeさんがヘモグロビン遺伝子で疾患を起こす遺伝的変異の解析についてそれぞれ口頭発表を行いました．
みなさんお疲れ様でした．
2016年6月23日木曜日
過去最高のロークオリティ
百聞は一見に如かず．
もちろん論文は取り消されるようです．
http://www.nature.com/articles/srep24172
*図中の番号は，コピーを見破るために後で付けられたものではなく，著者が同じ状態の細胞であるということを言いたいがためにつけられた目印です．
もちろん論文は取り消されるようです．
http://www.nature.com/articles/srep24172
*図中の番号は，コピーを見破るために後で付けられたものではなく，著者が同じ状態の細胞であるということを言いたいがためにつけられた目印です．
2016年5月2日月曜日
Encyclopedia of Evolutionary Biology
Elsevier社から発刊される予定のEncyclopedia of Evolutionary Biology
（進化生物学辞典）という本の一節を担当させていただきました．Compensatory Evolutionという項目です．
ちょっと個人として手が出る値段の本ではないですが （4巻セットで約15万円!），著名な先生方も含め，ものすごくたくさんの人が関わっており，読みごたえは十分あると思いますので，図書館や研究室で購入していただければと思います．
驚いたことに，自分の項目のために何の気なしに書いたRNA分子進化の模式図がちゃっかり表紙として採用されています．進化の王様シクリッドと並ぶのも落ち着かないところがありますが，論文の宣伝としては良かったのではないかと思います．
（進化生物学辞典）という本の一節を担当させていただきました．Compensatory Evolutionという項目です．ちょっと個人として手が出る値段の本ではないですが （4巻セットで約15万円!），著名な先生方も含め，ものすごくたくさんの人が関わっており，読みごたえは十分あると思いますので，図書館や研究室で購入していただければと思います．
驚いたことに，自分の項目のために何の気なしに書いたRNA分子進化の模式図がちゃっかり表紙として採用されています．進化の王様シクリッドと並ぶのも落ち着かないところがありますが，論文の宣伝としては良かったのではないかと思います．
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