猫の目

さて、論文の解説などはどうしても専門用語が多くなってしまいますが、同じ分野を学ぶ学生さんが勉強になるレベルを想定して書いています。それ以外のことはもっとわかりやすく書くよう努力したいと思っています。

で、タイトルの「猫の目」は生物の話じゃなくて、人の意見は変わるもの、ということ。
「首尾一貫したコメントはできないかもしれないけど許してね」、ということです。

あまりにも意見がコロコロ変わって焦点が定まらないのは論外ですが、自分の間違いに気づいたときは、昔の意見に固執してはいけないというのが僕のポリシーです。なにも研究に限ったことではないですが、客観的な判断力が必要な分野では特に重要です。

僕のアメリカでの恩師は典型的な朝令暮改タイプでした。アイデアがどんどん出てくる。前の日に用意しろと言われたデータを持っていくと、次の日には解釈が違います。前の日に彼が言ったことを繰り返すと、それが如何に間違っていたかを熱っぽく語ってくれます。まるで自分が怒られているかのよう。そして一度方針が決定すると、あとは一気に仕事を進めていきます。

企業などでは嫌われるタイプの上司かもしれませんが、研究の分野では彼のような人物が必要とされますし、まさに尊敬すべき先生です。

隣の部屋のポスドクは、「彼の頭の中はスパゲッティだ」、と言っていましたが、そのおかげでとてもエキサイティングな研究生活を過ごせました。自分には無いエネルギーなので、なんとかその秘密を盗んでやろうと思いましたが、願いは叶わず。

突拍子も無いアイデアでも、よく練ってみればそのうち幾つかは大きな花火になるかもしれません。お馬鹿なアイデアを気軽に出せる環境は、叩かれまいとする意識が強い日本にはあんまりないような気がしますね。

馬鹿になれ。

猪木さんが言うとあまり説得力がありませんが（笑）、ノーベル賞取った人が言うと説得力があるような気がします。

ネズミかイヌか

生物種の進化の軌跡を系統関係と呼びます。古くは形態学的特長によって分類が成されていたのですが、最近はDNA解析手法の発達によって遺伝学的な系統関係が決定されています。それでは全遺伝子を解析すれば系統関係は完全にわかるのか？
ところがそんなにすんなり行かないというのが今回の話です。

今週、同時に2本の論文が出ています。

・Cannarozzi G, Schneider A, Gonnet G (2007) A Phylogenomic Study of Human, Dog, and Mouse. PLoS Comput Biol 3(1): e2

・Nikolaev S, Montoya-Burgos JI, Margulies EH, Program NCS, Rougemont J, et al. (2007) Early History of Mammals Is Elucidated with the ENCODE Multiple Species Sequencing Data. PLoS Genet 3(1): e2

後者の方はAfrotheria（アフリカ獣類：ゾウとかツチブタ）の系統関係の解明を中心に据えているので、直接は比較できませんが、前者の論文は霊長類（ヒト）-食肉類（イヌ）-げっ歯類（ネズミ）の系統関係について解析を行っています。この3つの系統は80~100万年前くらいに分かれたといわれていますが、現在までその関係には様々な論争がありました。方法やデータによって結果が違ってくるのですが、霊長類-げっ歯類が一番近いという意見が優勢でしょう。

系統樹を描くには主に遺伝子の配列が用いられますが、解析する遺伝子が違うと結果にもバラツキが出てきます。また、げっ歯類は世代時間が短いため、時間当たりの突然変異率が高いと言われています。そのため、Long Branch Attraction (LBA) という統計的な偏りが生み出され、真の系統樹がうまく描き出されないのではないかということが指摘されています。で、使う遺伝子の数が少なくて統計的な誤差がでるのなら、全ゲノムを使って決めてみようではないかというのが上の論文。

上の論文では、有袋類のオポッサム（またはニワトリ）をアウトグループとして、ヒト-イヌが統計的に有意にサポートされるという結論を示しています。目を通してみましたが、方法論的には特に間違いは無さそうです。ところが、下の論文ではより少ない遺伝子、多くの種を用いて、方法も異なっていますが、霊長類-げっ歯類が親戚同士になっています。

遺伝子によって得られる系統関係が違うのは単純な統計的なノイズが原因のほかに、3種の分岐時間が比較的近ければ、祖先集団の多型があることによりしばしば起こります。ヒト-チンパンジー-ゴリラの3種の系統関係はこれまで何度も議論となりましたが、現在ではヒト-チンパンジーが最も近縁であると考えられています。また、種分化の途中に集団間での遺伝子交流があれば同じく偏った観察結果が得られるはずです。ここら辺も含めたモデル化ができれば、全遺伝子というデータはそろっているわけですから、より真実に近い結果が得られるのではないでしょうか。自信を持って答えるにはもう少し時間がかかりそうです。ひとつ言えることは、これら3つの系統の分岐は非常に短い時間で起こった、ということです。最近のトランスポゾンからのデータでもコウモリもかなりの確率で食肉類の中に入るようですし、クジラやイルカもウシやヒツジの兄弟ですから、極めて短い時間にいろんな形態の哺乳類の祖先が生まれたことになります。ただし、トランスポゾンのような直接的な証拠も、上に述べた祖先集団の多型の問題にひっかかるので、今回の問題に関しては十分な数を調べなければいけないと思います。

はじめに

日本語のウェブページが無かったので、研究者としてのブログを作成しました。長々と書くのはあまり好きではないのですが、自身の向学と情報発信のためです。

研究生活（進化生物学）の雑感や最新のトピックをメインにします。間違いは最善の努力を持って訂正いたしますが、内容の正確さについて保証するものではありません。また、ここでの発言は本人が所属する機関とはなんら関係の無いことを断っておきます。