統計解析用のソフトは多々ありますが,僕はフリーのものを中心に使っています.
ちょっとしたものはエクセルで,あとは自分でperlのスクリプトを書いたり,Rを使ったり.Rはフリーでものすごい機能が豊富なので重宝していますが,大きな不満がひとつ.
名前が一文字だから,使い方がわからなくてGoogleでサーチしてもなかなか狙ったものが出てこない.これはかなり痛いです.
グラフはかなり色々描けるのでこれで十分です.エクセルのグラフよりはよく見えます.
たまにエクセルのグラフで,背景灰色,ディフォルトの色(水色,紫,クリーム色)の棒グラフがそのまま論文に載ってたりしますが,あれはもうちょっと工夫しても良いかと思います.せめて背景は白で,余計な横線は入れない.意味の無い3D表示も無駄.プレゼンじゃなくて論文なのだから,データの理解されやすさを優先すべきだと思います.