イネの遺伝学研究

The ethylene response factors SNORKEL1 and SNORKEL2 allow rice to adapt to deep water

http://www.nature.com/nature/journal/v460/n7258/full/nature08258.html

Loss of Function of a Proline-Containing Protein Confers Durable Disease Resistance in Rice

http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/sci;325/5943/998

色々なところで海外に負けている日本の生物学ですが，僕がいつもすごいと思うのは日本のイネの遺伝学です．今週も立て続けに栽培化に有用な面白い遺伝子が同定されています．ゲノム解読では中国と痛み分けといった感じですが，遺伝学の分野では一歩先を行っているのではないでしょうか．

理由の一つは，これまでコツコツと遺伝マーカーを整備してきたことが大きいこともあります．通常のモデル生物のマイクロサテライトマーカーは良くて数Mbの領域に一つで，有意なマーカーを見つけてもそこから遺伝子までさかのぼるに手間がかかりました．QTL研究はさまざまな生物で行われていますが，遺伝子の同定まで行く例はあまりありません．イネのマーカーは更に細かい単位で配置されているらしいので，有意なマーカーが一つ見つかればそこからは比較的簡単に近傍の遺伝子が決まります．

イネの交配は非常に忍耐が必要な作業に感じますが，そういったことを辛抱強く繰り返す作業から，ゲノム情報を利用して遺伝子を特定し，更にin vitroの実験まで出来てしまう研究のインフラと研究者が揃っているのでしょう．もちろん，他のモデル生物でも多くの遺伝子が同定されていますが，栽培化に関係する遺伝子は実用面で言っても，進化の面で言っても，とても価値のある発見だと思います．

必需品，Isolation with Migration

今度海外に行く時は忘れずに機内に持ち込みたいもの，目薬です．

長い時間載っているとコンタクトだと辛くなってくるんですよね．ジップロックに入れていけばOKでしょうか．

この前飛行機に乗った時はあの袋は手荷物検査のところでタダで配ってくれるものかと思って，当たり前のように要求したら，係りのお姉さんに少しキレられました．申し訳ありません．

8月9月は論文のリバイスとか本の原稿とかで暫く忙しそうです．良く考えると学会もあります．9月に台湾に行こうと思っていましたが，無理なような気がしてきました．

閑話休題，研究の話を少し，IM（Isolation with Migration）という2つの集団の分岐年代，集団サイズ，移住率をMCMCで推定するプログラムがあります．最近は集団遺伝学だけでなく生態学の分野でも結構使われていてかなりのヒット商品に感じます．これまでのバージョンは集団は2つまでしか扱えなかったのですが，3つ以上も扱えるバージョン2が登場していました．論文はまだ出ていないようなので，知る人ぞ知るですが，プログラムは公開されています．

集団数を増やすのは魅力的ですが，簡単に想像できるように，集団数が増えるとパラメータ数が馬鹿みたいに増えていきます．恐らく3つか4つが限界でしょう．これを使ってリジェクトされた現在論文を改定中です．最近次世代シークエンサーのためにかなり高性能のワークステーションを入れたので，今までよりは早くシミュレーションが進みます．

空港封鎖

スイスまでの乗り換えでパリのシャルル・ドゴール空港を通りました．

ここの空港は二度目なのですが，ここでハプニングが．バスに乗って少し離れたターミナルまで移動したのですが突然バスがストップ．歩いてターミナルのビルに近付いて行くとマシンガンを持った兵隊のお兄さんが並んでいます．

周りの人も状況がよく飲み込めていないようなのですが，伝え聞いた話によると不審な荷物が見つかったのでテロの危険があるとのこと．

出発の時間まで1時間ほどあったのですが，その場に座り込みとりあえず待っていることに．最悪の場合も考えられましたが，30分後に封鎖が解除，無事に飛行機に乗ることができました．封鎖が終わった後の行動が皆さんスムーズだったので日常茶飯事なのかもしれませんが，ちょっと焦りました．

夏休み

決して遊びに行くわけではないのですが，来週はスイスのルツェルンでのセミナーに参加する予定です．

できるだけ仕事のことを忘れたいのも事実ですが，金曜日に論文が一本リジェクト食らったばかりなので色々と考えることが...　最近返事を貰ったもう一本はminor revisionなのでそっちの方はたぶんOKでしょう．

エディタの方がしっかりコメントをくれて，コメントがいっぱいあるけれどこれとこれにちゃんと答えたら再投稿してもいいよ，ということなので頑張ってみようとは思います．

今回はとりあえず英文校正に出さずに，自分の英語のみで放り投げてみたのですが，レビュワーの一人に「俺も人のことは言えないくらいの英語力しかないが，それでもこの英語はまずい」と言われて，今更ながらちょっとへこみます．こればかりはあきらめています．