2009年8月19日水曜日

必需品,Isolation with Migration

今度海外に行く時は忘れずに機内に持ち込みたいもの,目薬です.

長い時間載っているとコンタクトだと辛くなってくるんですよね.ジップロックに入れていけばOKでしょうか.

この前飛行機に乗った時はあの袋は手荷物検査のところでタダで配ってくれるものかと思って,当たり前のように要求したら,係りのお姉さんに少しキレられました.申し訳ありません.

8月9月は論文のリバイスとか本の原稿とかで暫く忙しそうです.良く考えると学会もあります.9月に台湾に行こうと思っていましたが,無理なような気がしてきました.

閑話休題,研究の話を少し,IM(Isolation with Migration)という2つの集団の分岐年代,集団サイズ,移住率をMCMCで推定するプログラムがあります.最近は集団遺伝学だけでなく生態学の分野でも結構使われていてかなりのヒット商品に感じます.これまでのバージョンは集団は2つまでしか扱えなかったのですが,3つ以上も扱えるバージョン2が登場していました.論文はまだ出ていないようなので,知る人ぞ知るですが,プログラムは公開されています.

集団数を増やすのは魅力的ですが,簡単に想像できるように,集団数が増えるとパラメータ数が馬鹿みたいに増えていきます.恐らく3つか4つが限界でしょう.これを使ってリジェクトされた現在論文を改定中です.最近次世代シークエンサーのためにかなり高性能のワークステーションを入れたので,今までよりは早くシミュレーションが進みます.