久しぶりの単著

随分前に書いた後，しばらくお蔵入りになっていた論文がパブリッシュされました．

Naoki Osada. Phylogenetic inconsistency caused by ancient sex-biased migration. PLoS ONE 6: e25549.

ほんとにちょっとした話です．系統樹を書いたときにミトコンドリアや常染色体で系統関係が違うことはよくありますが，それが性による移住割合の偏りなどのせいであると結論付けることができるのか，という内容です．

現在の集団から多型を調べた場合は移住率の推定ができるので割とうまくいくのですが，現在いる集団の共通祖先より前に起こった過去の移住は移住率が推定できないので，結局大したことは言えないという，当たり前と言えば当たり前の結論です．

非常に簡単な計算をしただけの論文ですが，今まで誰もちゃんとやっていなかったので，簡単なガイドラインになると良いと思っています．

誤植

論文を書いている限りは誤植の恐怖は常に付きまといます．今日はこんなのを見てしまいました．

P < 5 x 10⁵

明らかに-5の誤植とわかるのでそれほど気にはならないのですが，著者は少しヒヤリとしているでしょう．

ダッシュ，添え字

先日受け取った論文の校正でハイフン関係があらかた直されていました．ダッシュとハイフンの違いについては以前のエントリーでおさらいしましたが，まだまだ勉強不足だったようです．

Wikipediaを見てみると，人の名前をつなげるようなときは，ハイフンではなくen dashを使うようです（例：Mann—Whitney U test）．ただし，名前がペアとして慣用的に使われている場合はハイフンでいいというようなことも書いてあります．複雑ですが，基本的にはen dashということで問題ないと思います．

他の論文も調べてみましたが，両方が混在していて実はかなり適当なのではないかと思います．とりあえず今回の編集者は細かいところまで見てくれたようです．

もう一点は，記号の斜体です．量や変数を表すアルファベットは普通斜体になりますが，それに添え字がつくときがあります．こちらのサイトを見たところ，添え字が量や変数を表す場合はイタリックなのですが，そうでない（例えば変数に説明を加える添え字）場合は，添え字は普通の字体になるようです．

集団生物学では有効な集団の大きさをN_eで表しますが，このeはイタリックでない方が正解だと思います．論文や教科書を見てもeがイタリックなものは結構あるので，それほど気にする必要はないのかもしれませんが．

さらに，上記のNISTの文書では

"Because the comma is widely used as the decimal marker outside the United States, it should not be used to separate digits into groups of three. Instead, digits should be separated into groups of three, counting from the decimal marker towards the left and right, by the use of a thin, fixed space. However, this practice is not usually followed for numbers having only four digits on either side of the decimal marker except when uniformity in a table is desired."

と書かれています．数字4桁の場合はカンマは要らないのは知っていましたが，スペースを空ける書き方が推奨されているのは知りませんでした．

8語に32ドルを払う

つい最近，Molecular Biology and Evolution（MBE）であったリトラクション（論文取り下げ）が海外のサイトで取り上げられていました．MBEはよくお世話になる雑誌なので気になるところです．

取り下げの理由自体は，不正というよりは大きな解析ミスに著者のグループが気付いたのが理由とのことです．僕も何度か自分の論文のデータが間違っていた夢を見たことがあるので，これには同情します．しかし，その後の出版社の対応がお粗末でした．

まず，雑誌にはリトラクションされたという一言があるだけで，どのような理由なのか，もともとどのような論文だったのかというのを読者が知る機会がないこと．これは一般のポリシーに反するようです．確かにPumMedにタイトルその他が載ってしまうことを考えると，少なくともアブストラクトやどのような理由で取り下げられたのかくらいは知りたいところです．

もう一点は，"This article has been permanently retracted from publication by the authors."というリトラクションの文章を見るのに，雑誌を購読していない人は32ドルを払わなければいけない仕様になっていたことです．購読していない人には，”This article has..."，だけが表示されるということですから，実質8語に32ドルを払うことになります．よっぽどのもの好きでなければ払う人はいないでしょう．さすがにこれは編集のミスで，その後に修正されているようです．

論文の不正によるリトラクションでは写真の使いまわしや二重投稿が中心になっていると思います．MBEはそのようなデータはほとんど扱っていないので，リトラクションになる論文は少ないはずです（といってもデータの性質上見つかりにくいだけで，不正がないとは言い切れないでしょう）．

敢えて好意的に解釈すると，今回のお粗末な対応は編集者がリトラクションになれていなかったからであると思います．

サイエンスとパブリケーション

サイエンスとパブリケーションは，生物学の分野では（他の分野と比べても）かなり大きな問題になっていると思います．インパクトファクター至上主義はまずいとみんなが何となく思いつつも，他に代替案が見つからないのでどんどん袋小路に向かって進みつつあるのではと思います．

また，最近はオープンアクセスジャーナルが乱立されて，読むのが大変になってきました．やはりオープンアクセスは質の確保が一番難しいのではないかと思います．確かに中には光るものもありますが，よくわからない論文もたくさんあります．

ジャーナルタイトルもきわどいのがあったりします．さすがにCellsは紛らわしいのではないでしょうか．

クリップボードのDNA配列を相補鎖にする

ここしばらく手作業でDNA配列を扱っていかったのですが，ちょっと用事があって昔に（10年くらい前?）書いたスクリプトを使いました．今でも結構便利だと思ったのでダウンロード可能にしておきます．

WindowsのクリップボードのDNA配列を相補鎖にして，中身を書き換えるPerlスクリプトです．WindowsにPerlは標準装備されていないので少し微妙な組み合わせですが...

revcomp_clip.pl

Theory of adaptation

進化遺伝研究部門では月一度の割合で，遺伝研の色々な研究グループが集まって進化に関するディスカッションを行う集まりを主催しています．論文紹介というよりは一つのテーマに沿って，論文をもとに1時間か2時間くらいディスカッションをするものです．

本日あったジャーナルクラブの話題はadaptation（適応）だったのですが，昔読んだ論文をよく思い出せなかったので，再びA. Orrの二本の論文を読み返してみました．一つは1998年のEvolution，もう一つは2005年のNat. Rev. Genet.に載ったものです．

生物がどのように環境に適応していくかというのは進化学の中心となる話題の一つですが，理論的な研究で最も有名なものはR. Fisherのgeometric modelと呼ばれるものです．よく例えられる例としては，生物の適応進化は顕微鏡の視野の中心にある点（進化の最適値）を合わせるようなもので，ちょっとずつ視野を動かしていけば徐々に良い方向に向かっていけるが，大きく動かすと全然違う場所に視野が移る確率が高くなってしまうので，適応は小さい変化が中心となっておこるというものです．

この理論はのちの研究者にも引き継がれ，もともとの理論はかなり修正もされています．A. Orrはこの理論の発展に大きく貢献していますが，彼の現在の研究はショウジョウバエの実験が中心なので，最初この論文を読んだときはものすごい幅広い才能のある人だと驚いたことを覚えています．

内容を簡単にまとめると．

1. Fisherのモデルでは，有利な変異が集団に固定する確率が高いということが考慮されていなかった．これを考えたのが木村先生のモデルで，大きな効果のものはそれだけ集団中に広まりやすいので，最適値からの距離の効果とは打ち消しあう．その結果中間的な大きさの効果を持った変異が一番たくさん固定する．

2. ところが，これらのモデルを考えるときに問題となるのは，変異の効果の大きさ（表現型に対して大きな効果を与える変異・小さな効果を与える変異）の単位である．Fisherのモデルでは最適値から現在の値への距離ですべてが基準化されている（逆にいうと，現在の値がどのような値でも成り立つ法則である）．

3. したがって，現在の値が最適値に近づくにしたがって，集団に広まる変異の大きさも小さくなってくる．つまり，進化は最初大きなステップ（一回ごとの変化の大きさ）で起こり，徐々に小さなステップによって刻まれることになる．そして，この時の最適値に近づくステップの距離の期待値はべき乗にしたがって短くなっていく．更に，適応過程全体を見ると，ステップの分布は指数関数分布に近くなる．

で，昔読んだときにはあまり理解できていなかった内容ですが（忘れてしまっていたのでたぶん理解が浅かったのだと思います），改めて読んでみるととても明快で面白い内容でした．直感的に考えると当たり前のことのようにも感じますが，数学的な形で示されることは大事なことであると思います．

Fisherの理論はかなり古臭いイメージもあり，現在は語られることも少ないものです．教科書にもあまり載っていませんが，重要なので知っておいて損はない理論であると思います．

Nature e-alerts!

この娘はNatureに自分の論文が載ったのでしょうか?

ただ雑誌の目次が送られてきただけにしては喜び過ぎです．



さて、お盆ですが普通に仕事をしています．投稿していた論文の雑誌の編集者から正式なアクセプトの通知が着ました．

まだまだ色々と片付いていません．

SMBE2011

SMBEが終了しました．その後に遺伝研を訪問する人もあり，今日になってやっと落ち着いた感じです．

で，最近になってまたグラントが一つ通りました．お金があるのは良いことなのですが，科研費3割お預け状態の話もあり，中々思い切った計画が立てられません．プロジェクトものなので，他の方の足を引っ張らないように頑張りたいところです．

遺伝研は研究に使える時間は多いのですが，如何せんやらなければいけない研究の量が多すぎるので， これまでやってきた細々とした事項にケリをつけて本格的に次に進まなければいけません．徐々に片付きつつはありますが，幾つかはまだ消化不良の状態で残っています．

クロジョウジョウバエ（黒猩猩蠅）

先日遺伝研の五條堀研に根井先生が訪れてましたので，少し雑談をする機会をいただきました．

その時にふと話の流れで出てきたのですが，昔の遺伝学雑誌なんかを見ると日本でもクロショウジョウバエ（Drosophila virilis）を使った研究が非常に多いことに気づきます．

今ではショウジョウバエといっただけでキイロショウジョウバエ（D. melanogaster）を指すくらい，melanogasterがメジャーになっていますが，実験に使う材料にも色々と流行り廃りの時代の流れがあるのでしょうか．virilisは大きいので飼いやすいのは容易に想像できますが，僕はハエは専門ではないので，詳しいいきさつは良くわかりません．昔の系統は今も生き残っているのでしょうか．