学会参加と論文通過

今月は遺伝学会と人類遺伝学会に，連休を挟んで参加しました．やっと終わって一息ついたところです．

人類遺伝学会は会員ではなく，業務の方で参加させていただきましたが，知っている方も多く楽しめました．いつも間違われるのですが（自分でも紛らわしいと思いますが），僕は人類学会と遺伝学会は会員ですが，人類遺伝学会には入っていません．

と，以前1日半で書き上げた論文がやっと通りました．言い訳ではありませんが，決してやっつけ仕事ではなく，日ごろから研究室のメンバーが地道にデータを出してくれた成果です．

データのデポジッションがメインの雑誌なのですが，レビュワーの注文に答えているうちに普通の論文のようになってしまいました．インパクトは少ない論文ですが，研究費を取って行った研究の成果は論文として発表すべきというポリシーのもとに投稿しています．

ただ，論文を公開するのにもまた研究費が必要なわけですが...

Naoki Osada, Makoto Hirata, Reiko Tanuma, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Keiji Terao, Jun Kusuda, Yosuke Kameoka, Katsuyuki Hashimoto, Ichiro Takahashi. Collection of Macaca fascicularis cDNAs derived from bone marrow, kidney, liver, pancreas, spleen, and thymus. BMC Res. Notes 2:199 (2009) [Link].

PNAS Track One

Scicenceのニュースより

http://blogs.sciencemag.org/scienceinsider/2009/09/the-academys-jo.html

PNAS（米アカデミー紀要）ではトラックIと呼ばれる，アカデミーメンバー以外の投稿者がメンバーの紹介を通じて投稿する方法（communicated byと書いてある論文）がありましたが，これが来年7月よりなくなるそうです．

トラックIII（メンバー自身による投稿）はそのままのようなので，これからはメンバー以外の人は一般の雑誌と同じプロセス（トラックII）で投稿しなければいけなくなるようです．Iが無くなってIIとIIIになるので，呼び方はたぶん変わるでしょう．

トラックIの論文は奇抜で挑戦的な論文があって，読んでみると面白いものは多いのですが，全体のクオリティと公平性とを高めるという意味では良いことだと思います．

NPGLE

校正してほしい英文があったので，NPGの英文校正に初めて出してみました．プリンス好きの僕にはNPG＝New Power Generationなわけですが，Nature Publishing Groupの略です．最近はどんどん雑誌が増殖していますね．スプリンガーとかエルセビアみたいなものを目指しているのでしょうか？

自然科学系の雑誌の数と掲載数はどんどん増えているでしょうから，論文至上主義が続く限りは成長が見込める商売分野なのでしょう．

http://languageediting.nature.com

投稿中の雑誌がNPGの雑誌で，再投稿の際に割引クーポンをくれたので使ってみました（Natureおよび姉妹誌に投稿したわけではありません）．なかなか上手いブランド商法です．

感想としては思ったより安くてしっかりしている印象です．ちゃんとネイティブの方がやってくれているのに，価格は他のところより安いくらいだと思います．納期は期限に合わせてちゃんと戻ってきました．

ちょっと高いGoldサービスというものを頼んでみたのですが，最初に1ページ半程度の全体的なコメントをつけてくれました．冠詞がいい加減なのと前置詞が変だということです．これはいつも言われているのに治りません．あとは細かい語順や時制の間違いですが，ちょっと直してもらうだけで随分と読みやすくなります．

前置詞はネイティブじゃないので完ぺきはあきらめていますが，未だに冠詞を間違えまくるのはなんとか直したいところです．

校正が終わったので，後は最終的な計算結果をあてはめて投稿するだけです．といっても計算が終わるまでにあと1週間はかかりそうですが...

イヌの毛

Coat Variation in the Domestic Dog Is Governed by Variants in Three Genes

http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/1177808

先週に続いてdomesticationの話．今度はイヌの毛に関する遺伝子が三つ見つかったとのことです．一見複雑そうな毛のバリエーションがたった数個の遺伝子にまでさかのぼれるというのは非常に面白いことだと思います．

イネの遺伝学研究

The ethylene response factors SNORKEL1 and SNORKEL2 allow rice to adapt to deep water

http://www.nature.com/nature/journal/v460/n7258/full/nature08258.html

Loss of Function of a Proline-Containing Protein Confers Durable Disease Resistance in Rice

http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/sci;325/5943/998

色々なところで海外に負けている日本の生物学ですが，僕がいつもすごいと思うのは日本のイネの遺伝学です．今週も立て続けに栽培化に有用な面白い遺伝子が同定されています．ゲノム解読では中国と痛み分けといった感じですが，遺伝学の分野では一歩先を行っているのではないでしょうか．

理由の一つは，これまでコツコツと遺伝マーカーを整備してきたことが大きいこともあります．通常のモデル生物のマイクロサテライトマーカーは良くて数Mbの領域に一つで，有意なマーカーを見つけてもそこから遺伝子までさかのぼるに手間がかかりました．QTL研究はさまざまな生物で行われていますが，遺伝子の同定まで行く例はあまりありません．イネのマーカーは更に細かい単位で配置されているらしいので，有意なマーカーが一つ見つかればそこからは比較的簡単に近傍の遺伝子が決まります．

イネの交配は非常に忍耐が必要な作業に感じますが，そういったことを辛抱強く繰り返す作業から，ゲノム情報を利用して遺伝子を特定し，更にin vitroの実験まで出来てしまう研究のインフラと研究者が揃っているのでしょう．もちろん，他のモデル生物でも多くの遺伝子が同定されていますが，栽培化に関係する遺伝子は実用面で言っても，進化の面で言っても，とても価値のある発見だと思います．

必需品，Isolation with Migration

今度海外に行く時は忘れずに機内に持ち込みたいもの，目薬です．

長い時間載っているとコンタクトだと辛くなってくるんですよね．ジップロックに入れていけばOKでしょうか．

この前飛行機に乗った時はあの袋は手荷物検査のところでタダで配ってくれるものかと思って，当たり前のように要求したら，係りのお姉さんに少しキレられました．申し訳ありません．

8月9月は論文のリバイスとか本の原稿とかで暫く忙しそうです．良く考えると学会もあります．9月に台湾に行こうと思っていましたが，無理なような気がしてきました．

閑話休題，研究の話を少し，IM（Isolation with Migration）という2つの集団の分岐年代，集団サイズ，移住率をMCMCで推定するプログラムがあります．最近は集団遺伝学だけでなく生態学の分野でも結構使われていてかなりのヒット商品に感じます．これまでのバージョンは集団は2つまでしか扱えなかったのですが，3つ以上も扱えるバージョン2が登場していました．論文はまだ出ていないようなので，知る人ぞ知るですが，プログラムは公開されています．

集団数を増やすのは魅力的ですが，簡単に想像できるように，集団数が増えるとパラメータ数が馬鹿みたいに増えていきます．恐らく3つか4つが限界でしょう．これを使ってリジェクトされた現在論文を改定中です．最近次世代シークエンサーのためにかなり高性能のワークステーションを入れたので，今までよりは早くシミュレーションが進みます．

空港封鎖

スイスまでの乗り換えでパリのシャルル・ドゴール空港を通りました．

ここの空港は二度目なのですが，ここでハプニングが．バスに乗って少し離れたターミナルまで移動したのですが突然バスがストップ．歩いてターミナルのビルに近付いて行くとマシンガンを持った兵隊のお兄さんが並んでいます．

周りの人も状況がよく飲み込めていないようなのですが，伝え聞いた話によると不審な荷物が見つかったのでテロの危険があるとのこと．

出発の時間まで1時間ほどあったのですが，その場に座り込みとりあえず待っていることに．最悪の場合も考えられましたが，30分後に封鎖が解除，無事に飛行機に乗ることができました．封鎖が終わった後の行動が皆さんスムーズだったので日常茶飯事なのかもしれませんが，ちょっと焦りました．

夏休み

決して遊びに行くわけではないのですが，来週はスイスのルツェルンでのセミナーに参加する予定です．

できるだけ仕事のことを忘れたいのも事実ですが，金曜日に論文が一本リジェクト食らったばかりなので色々と考えることが...　最近返事を貰ったもう一本はminor revisionなのでそっちの方はたぶんOKでしょう．

エディタの方がしっかりコメントをくれて，コメントがいっぱいあるけれどこれとこれにちゃんと答えたら再投稿してもいいよ，ということなので頑張ってみようとは思います．

今回はとりあえず英文校正に出さずに，自分の英語のみで放り投げてみたのですが，レビュワーの一人に「俺も人のことは言えないくらいの英語力しかないが，それでもこの英語はまずい」と言われて，今更ながらちょっとへこみます．こればかりはあきらめています．

クマの雑種

クマ亜科には6種が存在します．ツキノワグマ，ヒグマ（グリズリー），ホッキョクグマは日本でも有名だと思いますが，ホッキョクグマとヒグマで雑種ができるというのを最近知りました．色だけでなく，形態的にも結構な違いがあると思います．

地球温暖化で生息域が重なったせいだという説もありますが，過去にも例が見つかっていますし，断定するにはもう少し例証がいるかと思います．

右の図は雑種を形成できる種のペアを示したものですが，ヒグマだけいろんな種と交雑を起こす可能性があるようです．氷河期と間氷期の移り変わりではより多くの交雑があったでしょう．

交雑が起こるのに種の特徴が保たれているのは何故なのか．雑種のクリーム色のクマは妊性があったとしても氷の世界にも陸地の世界にも適応できなく，F2世代以降で環境に適応的でない遺伝子は選択されて除かれていくでしょう．種の形成の時に雑種の不稔性にだけ注目する研究も多いですが，やはり，雑種の表現型の適応度も重要なのだと思います．

図はWikipediaより．

国際生物学オリンピック

国際生物学オリンピックがつくばで開かれ，日本から金メダルの方が出たのはめでたいことです．

しかし，こういったものを見るたびに，「生物学者として必要なものはなんだろうか」，「そもそも生物学とは何なのか」ということに悩まされます．

とりあえず日本代表になった方やメダルをもらった方は優秀だと思うので，生物学の世界に入ってくることは良いことでしょうし，多くの高校生が参加することによって生物学への関心が高まるのも良いことだと思います．

しかし，何かひっかかるのは，与えられた問題に対する答えで順位をつけることにどういった意味があるのか．むしろ高校生に素晴らしい問題を考えてもらって，偉い先生方がそれを解く方が面白いんじゃないかと．

そこらへんで悩んでいるようでは教育者としては自分はまだまだやっていけないのかもしれません．