これは笑えない

何かと思ったら，オフィシャルなサイトなんですね，これ．笑えません．
http://www.spring8.or.jp/ja/for_kids/topic017.html

まあ，物理とかの分野に比べると生物ってNatureとかScienceに通りやすい分野ですよね．

新発見があるということはそれだけわかっていないことが多いということです．

夏休みか

提出していた論文のレビューが期限を過ぎたので催促のメールを出してみたんですが，2日経っても返事は無し．週末にかかって来週になりそうです．経験上，催促のメールを送ると「レビュワーの一人と連絡が取れないからちょっと待ってくれ」とか，何らかの返事が返ってくることが多いのですが．

レビューの速さが売りの雑誌なのですが，これはレビュワーか編集者が夏休みに入ってますね．欧米ではがっちりバカンスを取りますから．

ちなみに，僕も今年は何年かぶりに夏休みを取って実家に帰ります．

ミトコンドリア・イブについての誤解

ミトコンドリアは母系遺伝をします．受精卵の中にはミトコンドリアが詰まっていますが，精子のミトコンドリアは基本的には受精卵の中には入ってきません．したがって，子供は母親のミトコンドリアだけを受け継ぎます．さて，現代の人類のミトコンドリア配列を調べていくと，約15-30万年前のアフリカ系の女性にたどり着きます．この女性をミトコンドリア・イブと一般的に呼んでいます．

この現象を，「一人の女性を祖先として現生人類は誕生した」と誤解させるような解説も存在しますが，誤りなので解説したいと思います．WikiPediaにも同様の解説がありますが，これは自分なりの解説です．

先ず最初に，「祖先を持つ」ということと「祖先の遺伝子（ゲノム）を受け継ぐ」は必ずしも等価ではないということを知らなくてはなりません．

例えば，あなたの6世代前には64人の先祖がいたことになります．それではあなたのゲノムはその64人のゲノムを1/64ずつ均等に受け取っているかというと，そうではありません．生殖細胞ができるときに遺伝情報の半分が子孫に伝えられますが，そのときどの半分が伝えられるかはランダムです．具体的に言うと，あなたは遺伝子の片方を母親，片方を父親から受け継いでいますが，その二本の染色体はあなたの生殖細胞の生成過程で組みかえられてシャッフルされ，あなたの子供には片方だけが伝えられます．子孫に伝えられなかった遺伝子は「絶滅」します．この絶滅とは遺伝子の絶滅であり，家系の断絶ではありません．

したがって，64人の祖先のうち，ある人の遺伝情報を20%受け継いでることもあるかもしれないし，まったく遺伝子を受け継いでいない可能性もあります（実際は組み替えはもっと高頻度に起こるのでそんなことはありませんが）．全く遺伝子を受け継いでいないからといって，その人があなたの祖先ではないということはできません．

同じように考えると，「ミトコンドリアを次世代に伝える」ということと「子孫を残す」ことは等価ではありません．例えば，生まれた子供がすべて男の子だったらその母親のミトコンドリアは途絶えますが，子孫は残ります．こういった確率的な遺伝子頻度の変化は遺伝的浮動と呼ばれています．

トライアルアンドエラー

生物系ブログの有名人，柳田先生のブログより．新潟の地震による車の部品生産への影響と生命システムの違いを考察していました．システムのロバストネス（頑強さ）がどれだけあるかということでしょう．

＞ 最後の興味は結局、人間はこのような場合、細胞のような生命体よりも賢くふるまっているのだろうか、ということになります。

進化生物学的視点から見てみます．人間の賢さがいわば「予測的」であるのに対して，進化の賢さは「トライアルアンドエラー（試行錯誤）」的です．良い方向にでも悪い方向にでも変わって，生き残ったものが次の世代に伝えられます．突然変異に方向性が無くても，結果には方向性がある．ここが自然選択説の一番神秘的なところだと思います．

進化による変化は多くの場合，ごく微量です．そのかわり，その少しの変化が次世代に伝えられます．

人の学習は，予測と言う意味では賢く働きますが，過去の記憶・経験すべてを引き出すことはできません．歴史のすべてをひっくり返して最適解を導き出すような演算を人間は行っていません．自分の知っている範囲，自分の経験した範囲で得た答えを他人の意見とつき合わせて結論を出します．そして，世代が変わるたびに知識はリセットされ，いちから学習しなくてはなりません．

どちらが賢く働くのか．試行錯誤的戦略は時間の積み重ねにより，少しずつ，着実に賢くなっていきます（賢いという擬人的な言葉は不適当だとは思いますが）．その時間の積み重ねは本当に長く続いています．

今まで生命が歩んできた時間と人が知恵をつけてから経た時間は比べるべくもありません．少なくとも，今現在は時間の長さには人類の英知はかなわないといったところでしょうか．

マッチョ犬の遺伝子変化

自然選択よりも強い選択に人為選択があげられます．ダーウィンは，人工的に選択された品種が変種と同レベルの特徴的な形質を示すのなら，それが自然による選択まで延長して，自然界に見られる種の多様性を自然選択で説明しようとしました．人為選択が如何に強いのかを知るのに一番身近な例はイヌの品種でしょう．チャウチャウとチワワは自然には交配できないですから，ヒトによっては別種と定義するかもしれません．あれだけの多様で特殊な形態を生み出したのはヒトによる選択に他なりません．

A Mutation in the Myostatin Gene Increases Muscle Mass and Enhances Racing Performance in Heterozygote DogsMosher et al. PLoS Genetics.
http://genetics.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pgen.0030079.eor

イヌのウィペット種というのがあって，グレイハウンドに近く早く走るのが得意なイヌだそうです．その中でもBullyタイプというマッチョなイヌがいます．このイヌに健康的な重大な問題は見られないのですが，多くは子供のうちに処分されてしまいます．そのイヌの遺伝子を調べたところ，MSTNという遺伝子にフレームシフトを起こす突然変異が見つかりました．これは筋肉の発生に関わる遺伝子です．実際にレースをさせると，この遺伝子の片方に欠損があるタイプが有意に速いという結果がでました．ホモで変異を持ってしまうと，ムキムキになりすぎてレースどころではないのでしょう．面白いことに，同じような変化がウシやヒツジで見つかっています．これらは独立に選択されてきたようです．マスチフなんかの別の大型犬にはこの突然変異は見つからなかったそうです．

目的は別ですが，肉をたくさん取るためにウシを選択し，速く走らせるためにイヌを選択した結果が同じ遺伝子に行きついたというのは面白い示唆を含んでいると思います．

少し前の論文ですが，実際のBully Whippetの写真を見て衝撃を受けたので紹介しました．ミスターオリバはこの遺伝子が欠損しているに違いません．

PLoS ONEにレイティング機能

以前何度か話題にした，オープンレビュータイプの雑誌，PLoS ONE．まだまだ実験段階の雑誌ですが，自由度が高いのが強みでしょうか．実は隠れた良論文があったりします．

記事の質の低下が心配でしたが，今朝宣伝のメールが来まして，早くもテコ入れを始めたようです．どうやら，ユーザーが3つの項目について5点満点でレイティングすることができるようになった模様．これは正直恐ろしいですね．自分の論文に星ひとつとか付けられたらへこんで飯が喉を通りません．

ただ，今まで実名のユーザーしかコメントやレイティングを投稿できないのかと思ってましたが，身元を保証する登録さえあれば，表示自体は匿名で良いようです．面白い試みなので様子を見ようと思います．

ただ，「科学者は歯に衣着せず批判的な文章を書く」という一般のイメージがあるかもしれませんが，実際は科学者も結構気を使います．もともと自然科学ってのは金持ちの趣味みたいなところがありましたから，ある程度の礼儀と節度が必要なわけです．

「著者の言っていることにも一理あるが，私はこういう見方もできることを提案する．その点で言うと，この論文は完全なものであるとは言えない」とか，「この論文は非常に面白いけれども，他の人がそう思うとは断言できない」とか，意外とみなさん気を使っています．点数付けがこの習慣に馴染むのか，気になるところです．

なんで宣伝メールが来るのかな，と思ってたら，雑誌の創刊のときにTシャツが抽選で貰えるとか書いてたのでつられて応募したのを忘れていました．まだ届かないところをみると，とうの昔に外れていたようです．

追記

科学英語メモ
厳しい批判（ボロクソにけなすこと）： brutal (harsh) criticism

20%ルールについて

政治的な話はあまり取り上げない方針ですが，一言．

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「博士余り」解消へ「20%ルール」！？物理学会が提言
　若手の研究者は、仕事時間の20%を自由に使って好きな研究を――。日本物理学会（坂東昌子会長）が、こんなユニークな提言を発表する。 「20%ルール」は米企業「グーグル」などが取り入れて、社員のやる気を引き出しているが、学会が呼びかけるのは異例。背景には、博士号を取得しても、希 望する研究職につけない「博士余り」の問題がある。若手博士の視野と発想力を広げ、企業など幅広い分野で活躍させるのが狙いだ。（読売新聞）
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偉い人の理屈は良くわかりませんが，別の観点から僕は20%ルールに賛成です．現在，多くの若手の研究者がプロジェクト型の研究に携わっています．これらの研究プロジェクトの中には論文の生産性が高いものから全く無いものまで色々とあります．最初から学術的発見をすることを目的としていないタイプの研究プロジェクトもたくさんあります．

現在の若手研究者のサバイバルレースには論文発表の業績が欠かせません．良いのか悪いのかは言いませんが，生物系では特に発表論文数とそのインパクトファクターが重視されます．

論文生産性の低いプロジェクトに一度でもポスドクで入ってしまうとレース脱落，では話になりません．ある程度はプロジェクトに縛られない時間（できれば予算も）を与えられないと不公平でしょう．極論ですが，ボスがポスドクを雇う場合には一人頭の研究費の20%をポスドクに好きに使わせる，くらいで丁度いいと思います．ポスドクじゃなくて助教なんかでも同じで，雑務や教授の下請けから開放された時間と金が20%でもあると随分やる気がでてくるのではないでしょうか．ある程度余裕があってこそ，新しくて面白い発見の下地ができるのではないかと思います．

*冒頭で政治的な話は好きでないと書いたのには色々事情があります．僕自身，結論の出ない議論は嫌いです．政治的な話は議論になりやすく，いつも賛否両論で結論はありません．もちろん，議論することによって自分の認識と相互の理解が向上することもありますが，今はネットを歩き回るだけで簡単に色々な人の意見を目にすることができるでしょう．そのなかから自分なりの答えを出していけば良いかと思います．「そういうことを言っている人もいる」くらいの認識で結構じゃないでしょうか．実際に政治を動かす偉い人の立場だと他人のコンセンサスを取らなければいけないので別であると思いますが，われわれ下々のものにとっては他人を説得する過程にはあまり意味は無く，自分なりの結論さえあれば十分です．というわけでこの手の話題はすべてコメント不許可にします．

業務連絡

コメント書き込めないぞ(#ﾟДﾟ)ｺﾞﾙｧ!!

というお叱りをいただいたので確認してみたら，確かにいつの間にかコメント不許可に設定されていました．辺鄙なブログなのでコメントを貰うことなど少ないと思いますが，修正しましたので何かあったらよろしくお願いします．ミス（誤記・誤解）の指摘をしてもらえると一番助かります．

最近仕事でわからないこと出てくると先ずはGoogleかWikipediaを調べるのですが，かなりの確率でヒットするブログがあります．とある大学の先生のブログなのですが，研究の方法論が重なっているのでとても参考になります．そういった地味に役立つところを目指していますが，どうでしょうか．

最近忙しくて，論文紹介ができないのが残念です．我を忘れるほど刺激的な論文が少ないせいもあります．HartlのラボでGene expressionのEvolvabilityを扱った論文がScienceで発表され興味深かったのですが，残念ながら理解に少し時間がかかりそうなので，少ししか目を通していません．遅くなりますがいつかコメントしたいと思っています．EvolvabilityのEvolution（笑）に関してはまだ自分の中でスッキリした絵が描けていないせいもあります．

2007年学会夏の陣

3連休でしたが，日本霊長類学会に出席してきました．初めての参加です．

普段あまり話さないような研究者の方と情報交換できたことは有意義だったと思います．自分の発表もありましたが，予想通り詰め込みすぎの内容でした．今回の話の目的は，細かい内容を理解して貰うというよりも，これまで色々と研究を行っていることを認知していただくお披露目式だと思って発表いたしました．慌しくて申し訳なく思います．おそらく次回も参加させていただいて今年の研究内容を発表すると思いますが，次からはゆっくりと話すことができるかと思います．

学会賞，最優秀発表，学会誌賞の表彰があったのですが，同級生と後輩がそろって受賞しました．どれも素晴らしい研究で良かったと思います．おめでとうございます．

ちなみに，秋の進化学会ではまったく別のことを発表する予定です．進化学会ではとある有名人が参加するようですが，帰ってきてネットを見てみると末期的な症状になっていました．できればかかわりあいたくないので，当日白い服を着ていくのだけはやめにします．煽って楽しんでいる人もいるようですが，そろそろ自粛したほうが良いのでは無いでしょうか．

2007/7/17追記

学会で思い出しましたが，冬には分子生物学会と生化学会の合同大会があります．分子生物学会はあまり重視していないですが，一応毎年発表を行っています．今年は懇親会があるようですが，果たしてどこでどうやってやるのやら．2~3千人くらい出席するんじゃないですか．入る箱があるのでしょうか．本当にやるのかな．8千円とってあまりにもショボいものが出てきたら暴動が起きますよ．懇親会費は自腹ですからね．

この大会は毎年数千人が参加するまさにカオスな学会です．ポスター発表だけで4千題近くあります．間口が広く色々な人と会えますし，ここぞとばかりに業者さんが販促グッズを配ってくれるのでそれが楽しみで参加しています．ただ，今度からは「分子生物学祭り」と名前を変えるべきだと思っております．

くとうてん

あまり日本語でちゃんとした文章を書くことが少ないのですが，縦書きのときの句読点は「、」と「。」，横書きのときは「，」と「。」もしくは「，」と「．」，というのが一般的なようです．昔教えてもらったことがありました．

今までは普通に日本語入力すると「、」と「。」が真っ先に出てくるのでそのまま使ってましたが，今回は「，」と「．」を使ってみました．ただし，横書きから縦書きに直すときはすべて変換しないといけないですね．それならば最初から「、」と「。」で通したほうがいいのか．確かに横書きに「、」と「。」は違和感があるような気もしますが，縦書きに「，」と「．」を使うことに比べればマシでしょう．

情報の構造からすると，内容と見え方は独立させて保存したほうがのちのち有効に活用できると思います．つまり，文章さえ独立して保存しておけば，縦書きだろうが斜め書きだろうが，見え方を決めるプログラムをいじるだけで中の文章に影響を与えず変える事ができます．ブログなんてのは典型的で，ボタンをポチポチ押すだけで全体のデザインを簡単に変更できてしまいます．

社保庁じゃないですが，データの移管というのはデータ管理の中でもっとも大変な仕事です．できるだけのちのちに楽な仕組みで保存しておくのが良いポリシーだと思います．代案としては，横書きの「，」と「．」はすべて全角を使う．そうすれば文章中にあらわれる「0.01」などと区別できるので，一括で変換できるでしょう．

と，句読点はいい加減にやっていますが，気になるのは全角の英数字．全角英数字を見ただけでじんましんが出そうになります．送ってきた文書に全角英数字があった場合にはすべて修正しないと気が済みません．こういう人，結構いますよね？

売り込みメール

バングラデシュで学校の講師をやってる方からphDコースに入りたいとのメールが来ました。学生やポスドクの働き先を探すこの手のメールは結構あります。ほとんどは宛名が"Dear Sir"で始まり、内容はこちらの研究内容に全く触れていないものが多いです。恐らくコピーでウェブ上の研究者に配りまくっているのでしょう。僕が学生の時に「ポスドクにしてくれ」ってメールも来たことがあります。こっちは学位すら取ってないのに...。酷いときには、送り先が100件くらい全部ccに入っていたのもあります。そういったメールは即ゴミ箱行きです。

今回のメールはきちんと研究内容にも触れていてくれてたのですが、残念ながらうちのラボは学生は取れません。きちんと返信しておきました。

しかし、アメリカもそうですが、みなさん売り込みに非常に力を入れています。出る杭は打たれる日本の文化はなんとかならないでしょうか。もう少し自分から売り込みやすい世の中になれば、現在巷に溢れかえって問題になっている博士の専門性も少しは消費されると思っています。

準備怠慢

最近、プライベートでもそうなんですが、ギリギリまで宿泊やチケット予約をしない癖がついてしまいました。インターネットでポチポチとやるだけで予約ができるようになったのは便利です。しかし、「面倒だなぁ」と心にのしかかってくるものが無いために、思い出したように予約すると既に良い宿や便が無かったりするんですよね。

今回も然り、学会の発表準備はほとんど終わってるんですが、宿を取るのを忘れていました。インターネットも使えないし駅からも遠いところしか取れませんでした。次からは気をつけろ自分。

カマキリの雨宿り

先日夕立が降ってきたので窓を見ると、カマキリの幼生がガラスの上で雨宿りをしていました。雨の間だけ捕獲して観察。

カマは少し小さいようですが、他の部分は小さいのにしっかりしたかたちをしています。カメラを向けるとカマを持ち上げてユラユラと威嚇してきます。この大きさだと小さい獲物しか捕まえられませんね。

生物学を学んでいる人には多いと思いますが、僕も子供の頃は昆虫が大好きでした。綺麗な虫だけじゃなくて、ゴミムシとかオサムシとかそんなのまで捕まえては虫かごに放り込んでいました。機会と時間があればムシの研究もしたいですね。留学先ではショウジョウバエのこともやったんで、一応昆虫の研究ってことになるのでしょうか。ハエの世話は他の人がやってくれてたので、頭をすりつぶしてRNAを取っただけですけど。

行動やら形態やら、哺乳類よりは少ない数の遺伝子で決まっている形質が多い気がします。面白そうなものが山のようにあるのではないでしょうか。ただし、多くの人がモデル生物としてショウジョウバエを扱っているように、ミュータントを取って遺伝子の機能を調べる仕事にはあまり興味がありません。自然界にある変異こそが自然について教えてくれるのだと思っています。興味のベクトルが生命の還元的理解にあるか、自然史の理解にあるのか、似たようなことをやっていても大きく違っているのではないでしょうか。