あまり日本語でちゃんとした文章を書くことが少ないのですが，縦書きのときの句読点は「、」と「。」，横書きのときは「，」と「。」もしくは「，」と「．」，というのが一般的なようです．昔教えてもらったことがありました．
今までは普通に日本語入力すると「、」と「。」が真っ先に出てくるのでそのまま使ってましたが，今回は「，」と「．」を使ってみました．ただし，横書きから縦書きに直すときはすべて変換しないといけないですね．それならば最初から「、」と「。」で通したほうがいいのか．確かに横書きに「、」と「。」は違和感があるような気もしますが，縦書きに「，」と「．」を使うことに比べればマシでしょう．
情報の構造からすると，内容と見え方は独立させて保存したほうがのちのち有効に活用できると思います．つまり，文章さえ独立して保存しておけば，縦書きだろうが斜め書きだろうが，見え方を決めるプログラムをいじるだけで中の文章に影響を与えず変える事ができます．ブログなんてのは典型的で，ボタンをポチポチ押すだけで全体のデザインを簡単に変更できてしまいます．
社保庁じゃないですが，データの移管というのはデータ管理の中でもっとも大変な仕事です．できるだけのちのちに楽な仕組みで保存しておくのが良いポリシーだと思います．代案としては，横書きの「，」と「．」はすべて全角を使う．そうすれば文章中にあらわれる「0.01」などと区別できるので，一括で変換できるでしょう．
と，句読点はいい加減にやっていますが，気になるのは全角の英数字．全角英数字を見ただけでじんましんが出そうになります．送ってきた文書に全角英数字があった場合にはすべて修正しないと気が済みません．こういう人，結構いますよね？
